Sau khi chứng minh loài người cần một sự mặc khải siêu nhiên, Thánh Thomas tiến tới một thách thức mang tính triết học trong Mục 2, Vấn đề 1, là: Liệu Thần học (Sacra Doctrina) có thực sự là một môn Khoa học (Scientia) hay không?
Vào thời Trung Cổ, khái niệm Khoa học (Scientia) không mang nghĩa thực nghiệm như vật lý hay hóa học ngày nay. Theo định nghĩa khắt khe của triết học Aristote, một môn “khoa học” phải là một hệ thống tri thức diễn dịch logic, xuất phát từ những Nguyên lý đệ nhất (First Principles) hiển nhiên, chắc chắn và tự nội cấu thành.
Câu hỏi này vô cùng nhức nhối. Bởi lẽ, Thần học dựa trên Đức tin, mà Đức tin thì tin vào những điều không thể chứng minh hiển nhiên bằng mắt thấy tai nghe. Nếu Thần học không phải là khoa học, nó sẽ thoái hóa thành những niềm tin mù quáng hay truyền thuyết dân gian, thiếu đi tính chính xác của lý trí.
Để bảo vệ vị thế khoa học của Thần học, Thánh Thomas đã thực hiện một bước đi thiên tài bằng cách vận dụng khái niệm Khoa học phụ thuộc (Scientia subalternata) của Aristote. Ngài chỉ ra rằng, không phải môn khoa học nào cũng tự mình chứng minh các nguyên lý nền tảng của nó. Có hai cấp độ khoa học tồn tại trong trật tự tri thức.
Cấp độ thứ nhất là những khoa học độc lập, tự tìm ra nguyên lý bằng ánh sáng tự nhiên của lý trí, chẳng hạn như Số học hay Hình học. Cấp độ thứ hai là những môn khoa học vay mượn nguyên lý từ một môn khoa học bậc cao hơn. Ví dụ, Âm nhạc học vay mượn các nguyên lý về tỷ lệ từ Số học, và Quang học thì mượn các định lý về góc, đường thẳng từ Hình học.
Hãy hình dung quá trình này qua hình ảnh của một Kỹ sư Quang học và một Nhà Toán học. Người kỹ sư khi chế tạo thấu kính không cần (và không thể) ngồi chứng minh lại định lý Pythagoras; anh ta đón nhận nó như một chân lý có sẵn từ nhà toán học, rồi dùng nó để tính toán đường đi của ánh sáng.
Thánh Thomas lập luận rằng Thần học chính là môn khoa học cấp độ hai. Nó diễn dịch các chân lý một cách logic và chặt chẽ, nhưng nó không tự chứng minh các nguyên lý gốc (ví dụ: Thiên Chúa Ba Ngôi). Thay vào đó, nó đón nhận những nguyên lý này từ một Khoa học thượng đẳng, đó chính là Trí tuệ của Thiên Chúa và sự chiêm ngưỡng của các thánh trên trời.
Vấn nạn lớn nhất mà Aquinas phải đối mặt là: Các nguyên lý khoa học phải tự hiển nhiên, trong khi Đức tin thì không hiển nhiên đối với trí hiểu con người. Thánh Thomas nhẹ nhàng bẻ gãy lập luận này bằng cách xác định lại chủ thể nhận thức. Dù các mầu nhiệm không hiển nhiên với chúng ta, nhưng chúng lại hoàn toàn hiển nhiên và sáng tỏ đối với Thiên Chúa. Nhờ Đức tin, chúng ta được thông phần vào chính cái nhìn khoa học của Ngài.
Vấn nạn thứ hai cho rằng, Khoa học phải bàn về những chân lý phổ quát, trong khi Kinh Thánh lại chứa đầy những sự kiện lịch sử cá biệt (như chuyện ông Abraham, Isaac). Ngài đáp trả rằng, Thần học không xem những cá nhân lịch sử này là mục đích tự tại. Những câu chuyện cá biệt đó chỉ là Công cụ sư phạm để làm gương mẫu đạo đức, hoặc để xác thực thẩm quyền của những con người được Chúa dùng để trao ban Mặc khải.
Ý nghĩa thần học của Mục 2 là vô giá. Bằng cách chứng minh Thần học là một khoa học, Thánh Thomas đã đập tan sự đối đầu ảo tưởng giữa Đức tin và Lý trí. Ngài khẳng định rằng: Đức tin cung cấp nguyên liệu khởi thủy, còn Lý trí cung cấp cấu trúc kiến trúc. Nhờ đó, Thần học trở thành Nữ hoàng của các khoa học, vừa mang tính thiêng liêng từ nguồn gốc, vừa mang tính chặt chẽ của tư duy logic.
