Khi bước vào Mục 3, Thánh Thomas đặt ra một câu hỏi ngắn gọn nhưng mang tính quyết định: Liệu học thuyết thánh thiêng (thần học) có phải là một khoa học duy nhất hay không? (Utrum sacra doctrina sit una scientia). Câu hỏi này xuất phát từ một bối cảnh thực tế trong giới học thuật thời Trung cổ.
Thần học dường như bao trùm một phạm vi quá rộng lớn và hỗn tạp. Nó nói về bản thể của Thiên Chúa, nhưng đồng thời lại bàn về các thiên thần, về lịch sử nhân loại, về luân lý, và cả những tạo vật hữu hình. Theo tư duy logic thông thường, một tập hợp bao gồm quá nhiều chủ đề rời rạc như vậy sẽ phải bị chia cắt thành nhiều bộ môn khoa học khác nhau.
Tầm quan trọng của vấn đề này nằm ở chỗ: Nếu thần học không phải là một môn khoa học thống nhất, thì bộ Tổng luận Thần học sẽ chỉ là một mớ kiến thức chắp vá. Ngài cần phải chứng minh rằng, dù khảo sát vô vàn sự vật khác biệt, thần học vẫn sở hữu một cấu trúc xương sống duy nhất, không thể bị chia cắt.
Để giải quyết bài toán này, Thánh Thomas vay mượn một nguyên lý triết học nền tảng từ Aristotle: Sự thống nhất của bất kỳ một năng lực hay một môn khoa học nào không được xác định bởi những sự vật vật chất mà nó khảo sát, mà được xác định bởi góc nhìn hay khía cạnh đặc thù mà nó hướng tới. Trong triết học Kinh viện, chúng ta gọi đây là sự khác biệt giữa Đối tượng chất thể (Obiectum Materiale) và Đối tượng hình thức (Obiectum Formale).
Đối tượng chất thể là những sự vật thô sơ mà ta nghiên cứu, còn Đối tượng hình thức là lăng kính, là nguyên lý cấu trúc hay “lý do” khiến ta nghiên cứu sự vật đó. Thánh Thomas khẳng định: Một bộ môn khoa học được hợp nhất hoàn toàn nhờ vào lăng kính hình thức này.
Hãy dùng một ví dụ loại suy kinh điển về thị giác. Mắt người có thể nhìn thấy một con người, một khối gỗ, hay một hòn đá. Về mặt chất thể, con người và hòn đá là những thực tại hoàn toàn khác biệt. Nhưng đối với năng lực thị giác, tất cả chúng đều được gộp chung lại dưới một khía cạnh duy nhất: chúng có màu sắc (coloratum). Tính ánh sáng và màu sắc chính là đối tượng hình thức quy tụ mọi vật thể khác biệt thành một trường nhìn duy nhất.
Áp dụng nguyên lý này vào học thuyết thánh thiêng, Aquinas đưa ra đòn bẩy logic cốt lõi. Thần học có thể khảo sát vô vàn sự vật khác nhau (Thiên Chúa, con người, vũ trụ, luân lý). Nhưng tất cả những thực tại đó đều được xem xét dưới một lăng kính duy nhất: chúng được mạc khải bởi Thiên Chúa (divinitus revelata). Chính ánh sáng của sự mạc khải thiêng liêng này đã đúc kết mọi chủ đề vật chất đa dạng thành một bộ môn khoa học duy nhất và toàn vẹn.
Khi đã xác lập được nguyên lý trên, Thánh Thomas dễ dàng bẻ gãy các vấn nạn ban đầu. Vấn nạn lớn nhất cho rằng thần học không thể là một khoa học vì nó nghiên cứu cả Đấng Tạo Hóa lẫn thụ tạo – hai thực tại có bản thể khác biệt một trời một vực.
Aquinas đáp trả bằng việc làm rõ tính thứ bậc. Thần học không nghiên cứu Thiên Chúa và thụ tạo ngang hàng với nhau. Thiên Chúa là chủ thể trung tâm. Mọi thụ tạo khác chỉ được đưa vào lăng kính thần học trong mối tương quan với Thiên Chúa, hoặc Ngài là Nguyên nhân tác thành (Causa Efficiens) cội nguồn tạo ra chúng, hoặc Ngài là Nguyên nhân cùng đích (Causa Finalis) mà chúng đang hướng về.
Bạn có thể hình dung điều này qua hình ảnh một người kiến trúc sư và những viên gạch. Môn kiến trúc học không nghiên cứu viên gạch theo kiểu của nhà địa chất học. Nó chỉ khảo sát viên gạch trong mối tương quan phục vụ cho bản vẽ và ý đồ của người kiến trúc sư. Tương tự như vậy, thần học chỉ nghiên cứu vạn vật trong sự quy hướng về Thiên Chúa.
Hệ quả của lập luận này là khổng lồ. Nó bảo vệ thần học khỏi việc bị phân mảnh thành lịch sử học, đạo đức học hay triết học trần tục. Nhờ tư duy của Thánh Thomas, thần học Công giáo giữ được một trục thẳng đứng vững chắc: Mọi thứ bắt nguồn từ Thiên Chúa và mọi thứ phải được soi rọi dưới ánh sáng mạc khải của Ngài.
