Tại mục 2, trong vấn đề 1, Thánh Thomas vẫn chưa vội để “nói về” Thiên Chúa, mà ngài đang trả lời những câu hỏi quan trọng là nền tảng cho Thần học sau này, cụ thể Thánh Thomas Aquinas đặt ra một câu hỏi nền tảng: Utrum sacra doctrina sit scientia (Liệu học thuyết thánh thiêng, hay thần học, có thực sự là một môn khoa học hay không?), nơi Ngài giải quyết một trong những rào cản triết học lớn nhất thời bấy giờ về bản chất của môn Thần học.
Vào thế kỷ 13, khái niệm khoa học (scientia) được hiểu theo một tiêu chuẩn cực kỳ khắt khe của triết học Aristotle. Theo đó, một bộ môn chỉ được gọi là khoa học khi nó suy diễn các kết luận logic từ những nguyên lý tự tri (principia per se nota), tức là những chân lý hiển nhiên mà trí tuệ tự nhiên có thể nắm bắt ngay lập tức.
Điều này tạo ra một thách thức khổng lồ cho hệ thống thần học Kitô giáo. Thần học vốn khởi đi từ đức tin, dựa trên những mầu nhiệm vô hình và vượt quá giới hạn lý luận. Nếu không khởi nguồn từ sự hiển nhiên, làm sao thần học có thể tự nhận mình là một hệ thống tri thức chặt chẽ, thay vì chỉ là những niềm tin mù quáng?
Để giải quyết thế bí này, Thánh Thomas không hề bác bỏ tiêu chuẩn của Aristotle, mà Ngài sử dụng chính triết học Aristotle để mở rộng cấu trúc phân loại tri thức. Ngài lập luận rằng có hai loại hình khoa học hoàn toàn khác biệt, được phân chia dựa trên nguồn gốc của các nguyên lý nền tảng.
Loại thứ nhất là những môn khoa học tự thiết lập nguyên lý của mình thông qua ánh sáng tự nhiên của lý trí (lumen rationis naturalis). Ví dụ điển hình là số học hay hình học, nơi các định lý được xây dựng từ những tiên đề toán học hiển nhiên mà bất cứ ai có lý trí cũng phải công nhận.
Loại thứ hai tinh vi hơn, được gọi là các khoa học lệ thuộc (scientia subalternata). Đây là những bộ môn không tự chứng minh nguyên lý của riêng mình, mà phải vay mượn và đặt niềm tin tuyệt đối vào các nguyên lý được cung cấp từ một môn khoa học ở cấp độ cao hơn.
Hãy hình dung về mối quan hệ giữa quang học và hình học. Người nghiên cứu quang học khảo sát đường đi của ánh sáng, nhưng để tính toán, họ phải sử dụng các công thức từ môn hình học. Nhà quang học không có nhiệm vụ chứng minh lại định lý Pythagoras; họ mặc nhiên tiếp nhận nó từ nhà hình học để phục vụ cho khoa học của mình. Tương tự, âm nhạc (âm học) là một khoa học lệ thuộc, vay mượn các tỷ lệ hòa âm từ bộ môn số học cấp cao hơn.
Từ nền tảng loại suy này, Aquinas đưa ra phán quyết cốt lõi: Thần học chính là một môn khoa học lệ thuộc. Thần học không lấy các nguyên lý từ sự quan sát trần tục, mà tiếp nhận chúng thông qua mặc khải. Môn khoa học tối hậu cung cấp nguyên lý cho thần học trần thế chính là tri thức của bản thể Thiên Chúa (scientia Dei) và của các bậc thánh thiện trên thiên đàng.
Khi giải quyết vấn nạn đầu tiên – cho rằng đức tin thiếu tính hiển nhiên để làm nền tảng khoa học – Aquinas áp dụng ngay lập luận về sự lệ thuộc. Ngài khẳng định người học thần học tiếp nhận các mầu nhiệm đức tin không phải vì tự họ thấy chúng hiển nhiên, mà dựa trên thẩm quyền tuyệt đối của Thiên Chúa – Đấng thấu thị môn khoa học tối cao và không thể sai lầm.
Với vấn nạn thứ hai – cho rằng khoa học chỉ bàn về cái phổ quát (universalia) trong khi Kinh Thánh lại chứa đầy các sự kiện cá biệt về lịch sử (như chuyện tổ phụ Abraham hay các tiên tri) – Thánh Thomas đã bác bỏ một cách tinh tế. Ngài giải thích rằng những sự kiện cá biệt này không phải là đối tượng chính yếu (materia) của thần học. Chúng chỉ đóng vai trò là chất liệu mẫu mực (exempla) nhằm hướng dẫn đạo đức con người, hoặc để minh chứng cho thẩm quyền của những đấng truyền đạt mặc khải.
Việc xác định thần học là một môn khoa học lệ thuộc mang lại một hệ quả khổng lồ cho nền triết học Tây phương. Nó thiết lập một trật tự nơi đức tin (fides) và lý trí (ratio) không còn loại trừ nhau. Bằng cách dùng logic chặt chẽ của lý trí để triển khai những tiền đề siêu nhiên của đức tin, Thánh Thomas đã biến thần học từ những suy niệm rời rạc thành một kiến trúc trí tuệ đồ sộ, logic và vô cùng kiên cố.
